Ofisi ya usimamizi ya EAPCCO inatumika kama kitovu cha uratibu na habari cha shirika hili. Ikianzishwa katika mwaka 1999, ofisi hii pia inafanya kazi kama Ofisi ya kikanda ya INTERPOL ya Afrika Mashariki na imehifadhiwa katika jengo lililotolewa na Jamhuri ya Kenya katika ofisi kuu ya wakurugenzi wa Upelelezi waJinai huko Nairobi.

Kwa hivyo, ofisi hii ya usimamizi inafanya kazi kama hifadhi na msimamizi wa stakabadhi zote za shirika ikiwa ni pamoja na mazungumzo ya Baraza la Mawaziri yanayotolewa wakati wa kuhitimisha mkutano wa kila mwaka, Maazimio ya Wakuu wa Polisi, mapendekezo ya kamati na kamati ndogo, Makubaliano na Itifaki ya kikanda, na Katiba ya EAPCCO. Pia, ofisi hii ya usimamizi, kwa mamlaka na idhini madhubuti ya Baraza la Wakuu wa Polisi na Mwenyekiti wa EAPCCO, husimamia Akaunti ya EAPCCO ambayo nchi ambazo ni wanachama zinatoa michango ya kila mwaka.

Ofisi ya usimamizi pia ina jukumu muhimu la kushauri Baraza la Wakuu wa Polisi juu ya mwenendo wa uhalifu na vitisho vya usalama vinavyoibuka katika kikanda na inatengeneza ajenda inayojadiliwa katika mikutano ya kikanda kwa lengo la kutengeneza mikakati ya kupunguza vitisho hivi. Katika kufikia hili, ofisi ya usimamizi inafanya kazi kwa karibu na ofisi Kuu ya usimamizi ya INTERPOL na washirika wengine husika.

Katika jukumu lake kama tawi la kuratibu, ofisi ya usimamizi EAPCCO inaongozwa na Afisa Mkuu Mtendaji ambaye ni Afisa Mkuu wa Polisi anayependekezwa kwa INTERPOL na moja kati ya nchi ambayo ni mwanachama. Afisa Mtendaji Mkuu wa sasa ni Bwana Gedion Kimilu. Mkurugenzi Mtendaji anaungwa mkono katika jukumu lake na timu ya maafisa wa polisi wanaopendekezwa na kikanda na wataalam wengine wa kiufundi wanaofanya kazi katika ofisi ya usimamizi.