Le Secrétariat du EAPCCO sert de centre de coordination et d’information de l’organisation. Créé en 1999, le Secrétariat sert également de Bureau régional d’INTERPOL pour l’Afrique de l’Est et est hébergé dans un bâtiment donné par la République du Kenya au siège de la Direction des enquêtes criminelles à Nairobi.

Par conséquent, le Secrétariat est le dépositaire et le gardien de tous les instruments de l’organisation, y compris le communiqué du Conseil des ministres publié à la fin de chaque réunion annuelle, les résolutions des chefs de police, les recommandations des comités et des sous-comités, Accords et protocoles régionaux et Constitution du l’EAPCCO. En outre, le Secrétariat, avec l’autorité et l’approbation strictes du Conseil des chefs de police et du Président de l’EAPCCO, administre le compte financier de l’EAPCCO auquel les pays membres versent leurs cotisations annuelles.

Le Secrétariat joue également un rôle important en conseillant le Conseil des chefs de police sur les tendances régionales de la criminalité et les nouvelles menaces à la sécurité et élabore l’ordre du jour des réunions régionales en vue d’élaborer des stratégies pour atténuer ces menaces. Pour ce faire, le Secrétariat collabore étroitement avec le Secrétariat général d’INTERPOL et d’autres partenaires concernés.

Dans son rôle de direction de la coordination, le Secrétariat EAPCCO est dirigé par le Directeur Général qui est un Officier supérieur de police détaché auprès d’INTERPOL par l’un des pays membres. Le président-directeur général actuel est M. Gedion Kimilu. Le PDG est appuyé dans son rôle par une équipe de policiers détachés de la région et d’autres experts techniques travaillant au Bureau/Secrétariat.