تعمل سكرتارية الإيابكو كمحور للتنسيق والمعلومات في المنظمة. أُنشئت الأمانة في عام 1999، وهي تعمل أيضًا كمكتب اقليمي للإنتربول لشرق أفريقيا، ومستضاف في مبنى تبرعت به جمهورية كينيا في مقر مديرية التحقيقات الجنائية في نيروبي.

وبناءً على ذلك، تعمل الأمانة العامة كجهة إيداع وحفظ لجميع أدوات المنظمة بما في ذلك بيان مجلس الوزراء الصادر في ختام كل اجتماع سنوي، وقرارات رؤساء الشرطة، وتوصيات اللجان واللجان الفرعية، والاتفاقيات والبروتوكولات الإقليمية ودستور الإيابكو. بالإضافة إلى ذلك، فإن الأمانة العامة بسلطة وموافقة صارمة من مجلس رؤساء الشرطة ورئيس الإيابكو، تدير حساب الإيابكو الذي تقدم الدول الأعضاء مساهمات سنوية إليه.

تلعب الأمانة أيضًا دورًا مهمًا في تقديم المشورة لمجلس رؤساء الشرطة بشأن اتجاهات الجريمة الإقليمية والتهديدات الأمنية الناشئة، وتضع جدول الأعمال للمناقشة في الاجتماعات الإقليمية بهدف تطوير استراتيجيات للتخفيف من هذه التهديدات. ولتحقيق ذلك، تعمل الأمانة بشكل وثيق مع الأمانة العامة للإنتربول والشركاء الآخرين ذوي الصلة.

و في إطار دور امانة الايابكوو بصفتها فرع تنسيقي يرأس المكتب التنفيذي للإيابكو الرئيس التنفيذي وهو ضابط شرطة منتدب إلى الإنتربول من قبل إحدى الدول الأعضاء. الرئيس التنفيذي الحالي هو السيد جيديون كيميلو. يتم دعم الرئيس التنفيذي في دوره من قبل فريق من ضباط الشرطة المعارين من المنطقة وخبراء تقنيين آخرين يعملون في المكتب / الأمانة العامة.